La Santa Casa con la chiesa di Santa Maria di Loreto, da cui trae origine il Santuario della Santa Casa, nel corso dei secoli ha goduto di un particolare stato giuridico nell'ambito dell'ordinamento ecclesiastico. Dal 1507 è stata soggetta direttamente alla Sede Apostolica e retta fino al 1698 dal Cardinale Protettore e poi dalla Congregazione Lauretana presieduta dal Cardinale Segretario di Stato, rappresentati a Loreto da un prelato-governatore. Anche sotto il Governo della Repubblica francese (1797-1798), del Regno d'Italia (18o8) e della Repubblica Romana (1849) lo è Stato riconosciuto un particolare statuto giuridico ei suoi beni non sono stati incamerati.
Con l'Unità d'Italia la Santa Casa ha goduto ancora di una speciale posizione giuridica ed è Stata amministrata da un Regio Governatore che faceva capo al ministero di Grazia Giustizia e de 'Culti. Dopo il Concordato tra la Santa Sede e l'Italia è stata costituita una speciale «Commissione mista» per la pratica attuazione dell'articolo 27 dello stesso Concordato. E, in seguito alle sue deliberazioni, parte del patrimonio del «Pio Istituto della Santa Casa di Loreto», costituito dopo l'Unità d'Italia, assegnato alla Santa Sede assieme alla Basilica e alle opere annesse. Per il loro governo venne costituito l '«Amministrazione della Pontificia Basilica della Santa Casa», retta dal Pontificio Amministratore della Basilica della Santa Casa, nominato direttamente dalla Santa Sede, e rappresentato a Loreto da un Vicario,
Il 24 giugno 1965 Paolo VI ha dato un nuovo assetto giuridico al Santuario della Santa Casa di Loreto. Con la Costituzione «Lauretanae Almae Domus» ha soppresso la Pontificia Amministrazione della Basilica e ha costituito la «Delegazione Pontificia per il Santuario della Santa Casa di Loreto». Ha istituito inoltre la Prelatura della Santa Casa con giurisdizione canonica sul territorio comunale di Loreto, ed erigendo una cattedrale la Basilica della Santa Casa ha designato lo stesso Delegato Pontificio a reggerla in qualità di Prelato. Con il Delegato Pontificio per il Santuario della Santa Casa e Prelato della Prelatura della Santa Casa collaborano due Vicari, uno per la Delegazione Pontificia e l'altro per la Prelatura della Santa Casa.
Fino alla soppressione della Commissione Cardinalizia per i Pontifici Santuari di Pompei, Loreto e Bari (16 dic.1996), la Delegazione Pontificia esplicava le sue funzioni sotto la tutela della medesima.
La Delegazione Pontificia rientra nei soggetti di cui all'art. 27 del Concordato fra la Santa Sede e l'Italia, reso esecutivo dalla Legge 27 maggio 1929, n. 810. Infatti, ai sensi della Costituzione Apostolica “Lauretanae Almae Domus” del 24 giugno 1965, la Delegazione Pontificia succede all'Amministrazione della Pontificia Basilica della Santa Casa di Loreto, che era uno degli Enti sopra indicati.
L'Amministrazione del Santuario, con le sue opere, edifici annessi e pertinenze, è affidata a un Consiglio di Amministrazione, composto dall'Arcivescovo Delegato Pontificio, che è anche Presidente, dal Vicario Generale, dal Segretario Generale e da tre laici. Tutti i membri del Consiglio di Amministrazione sono nominati dalla Segretaria di Stato. Vi opera anche Revisore Unico dei Conti, anch'esso nominato dalla Segreteria di Stato.